Когда то с подобным сталкивался, вот как решил
Код:
//Фильтр свойства блока RouteOrder имя блока T3SBA1_03 имя переменной фильтруемой
var cc1Settings = context.ForTablePart (x => x.RouteOrder).GetSettingsFor (x=>x.T3SBA1_03).As<EntitySettings> ();
string sys = "41";
string tip = "03";
cc1Settings.FilterQuery = string.Format ("Tip ='{0}' and Sistema ='{1}'", tip, sys);
cc1Settings.Save ();