Ну как бы проблема в клонировании - вы подменяете исходный файл этой операцией, на что намекает и описание этой функции и рекомендация как копировать файл.
Код:
public virtual void TestClone (Context context)
{
//какой то документ для теста
var versionFile = Locator.GetServiceNotNull<IDocumentFileManager>().GetFileByDocumentId(120328);
var newfile=versionFile.Clone();
Console.WriteLine(string.Format("Old Id={0} new Id={1}", versionFile.Id, newfile.Id));
}
Вывод консоли Old Id=306561 new Id=306561
Думаю очевидно что именно упускаете.